เรื่องราวของชุด Crimson Sakura นี้เป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นหลังจาก EP 15 ไปอีก เป็นช่วงเวลาที่ 3 นินจา ริวสุเกะ อะนะโทระ,มาโคโตะ เซ็นทะสึ และ อุทาดะ ฟูจิโทริ ได้กลับเป็นมนุษย์เช่นเดิมเรียบร้อยแล้ว
ประเทศนิคโคอุ ซึ่งเป็นประเทศหมู่เกาะที่เต็มไปด้วยเหล่านินจาฝีมือดีที่ทำหน้าที่เหมือนกับทหารรับจ้าง และคอยจัดการงานภารกิจลับต่าง ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย ประเทศ นิคโคอุ นี้ได้ใช้ระบบศักดินาในการปกครอง โดยมีตำแหน่งสูงสุดในแผ่นดินคือ มิโกะจักรพรรดินีสูงสุดที่ถูกเรียกด้วยนามแห่งสัตว์ศักดิ์สิทธิ์ กิเลน (Kirin) ทำหน้าที่ปกครองราชวงศ์และขุนนางทั้งหมดด้วยอำนาจอาญาสิทธิ์สูงสุด ซึ่งตำแหน่งแห่งกิเลนนี้จะสืบทอดตามสายเลือดของสตรีเชื้อพระวงศ์ที่ผ่านการคัดเลือกในแต่ละรุ่นเท่านั้น แต่แล้วตำแหน่ง มิโกะจักรพรรดินีได้ขาดสะบั้นลงอย่างกะทันหัน ด้วยเหตุผลที่ประวัติศาสตร์ไม่กล้าจารึก ที่มาแหน่งตำนานซากุระสีเลือดที่สาปแช่งประเทศชาตินาน3ชั่วอายุคน